В естественной среде обитания джунгарские хомяки размножаются с марта по сентябрь, в неволе они размножаются круглый год. В помёте может быть от 1 до 11 детенышей. Половая зрелость наступает с 4—6 недель, однако слишком ранняя беременность может быть очень опасна для самки.

Половая зрелость наступает с 4-6 недель, однако есть мнения, что столь ранняя беременность может быть опасна для самки. Рекомендуют начинать спаривание с 4-х месяцев. Срок беременности 18-22 дня.

Течка у самок хомяков наступает каждые 3-5 дней. Начинается обычно вечером и может продолжаться от нескольких часов до суток.