Инспекция находится в непосредственном подчинении Управления ФНС России по субъекту Российской Федерации (субъектам Российской Федерации, находящимся в границах федерального округа) (далее — Управление) и подконтрольна ФНС России и Управлению.

Министерства финансов Российской Федерации Федеральная налоговая служба находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.

Жалоба подается в вышестоящий налоговый орган, но через налоговый орган чьи документы, действия или бездействия обжалуются. То есть жалоба направляется в адрес налогового органа документы, действия или бездействие, которого обжалуются и именно он направит ее в вышестоящий налоговый орган (п. 1 ст. 139 НК РФ).

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 17 января 2020 г. № 21-р Даниил Егоров назначен руководителем Федеральной налоговой службы.